Liittohallitus on Keliakialiiton ylin valmisteleva ja toimeenpaneva elin, joka kokoontuu 6-7 kertaa vuodessa. Siihen kuuluu liittokokouksen valitsema puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja 10 muuta varsinaista jäsentä ja heidän henkilökohtaiset varajäsenensä.
Toiminnanjohtaja esittelee käsiteltävät asiat ja toimii kokouksen sihteerinä.

Liittohallituksen tehtävänä on mm. edustaa liittoa ja panna täytäntöön liittokokouksen päätökset, toimia liiton tarkoitusperien toteuttamiseksi, valvoa liiton varojen ja omaisuuden hoitoa, esittää liittokokoukselle toimintaa ja taloutta koskevat asiakirjat, valita liiton toimihenkilöt ja päättää jäsenluettelossa olevien tietojen luovuttamisesta ulkopuolisille. Lisäksi liittohallitus keskittyy suurempien toimintalinjojen ja strategioiden kehittämiseen sekä määrittelee toiminnan painopisteet ja tärkeysjärjestyksen.

Liittohallituksen apuna toimii työvaliokunta, jonka tehtävänä on valmistella asioita liittohallitukselle.