Keliakiaa pidettiin aiemmin harvinaisena tautina, sillä vain vaikein taudinkuva tunnettiin. Lisäksi ennen 1950-lukua ei edes tiedetty, miten tautia tulisi hoitaa.

Keliakian todetussa esiintyvyydessä on aina ollut suuria eroja eri maissa. Osin erot ovat todellisia, koska taudin yleisyyteen vaikuttavat mm. perintötekijöiden yleisyys väestössä sekä se, kuinka paljon käytetään gluteenipitoisia viljatuotteita. Esimerkiksi Kiinassa ja Japanissa keliakia on harvinainen sairaus. Länsimaissakin on eroja esiintyvyydessä, mutta tämä johtuu ehkä eniten siitä, että keliakiaa ei osata etsiä eikä tunnistaa.

Suomessa keliakiaa on tutkittu paljon ja tämä näkyy myös käytännön diagnostiikassa. Viimeisimpien tutkimusten tuloksena keliakiaa sairastaa Suomessa 2 % väestöstä eli yli 100 000 henkilöä. Näistä vasta alle 1/3 eli reilut 30 000 henkilöä (2010) on löydetty.