Usein keliakia käsitetään virheellisesti ruoka-allergiaksi. Keliakia ja allergia ovat kuitenkin eri asioita. Keliakia on elinikäinen sairaus, jossa elimistö muodostaa vasta-aineita omia kudoksiaan vastaan eli kyseessä on nk. autoimmuunisairaus. Keliakia ei koskaan parane, vaikka oireet häviävät tarkalla ruokavaliohoidolla.

Ruoka-allergiassa elimistö synnyttää vasta-aineita ruoka-aineiden valkuaisaineita eli proteiineja vastaan. Ruoka-allergiat ovat hyvin yksilöllisä ja väistyvät useimmiten iän myötä.