Liittohallitus on Keliakialiiton ylin valmisteleva ja toimeenpaneva elin, joka kokoontuu keskimäärin 6–7 kertaa vuodessa. Siihen kuuluu liittokokouksen valitsema puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja 8 muuta varsinaista jäsentä ja 4 yleisvarajäsentä.
Liittohallituksen apuna toimii työvaliokunta, jonka tehtävänä on valmistella asioita liittohallitukselle.
Keliakialiiton puheenjohtajana toimii Sari Tanus Tampereelta. Varapuheenjohtaja on Annikki Soudunsaari Helsingistä.
Varsinaiset jäsenet
Jarmo Rakkolainen, Turun seudun keliakiayhdistys
Johanna Niemelä, Uudenmaan keliakiayhdistys
Kati Kiljunen, Porin seudun keliakiayhdistys
Sari Hautamäki, Seinäjoen seudun keliakiayhdistys
Tarja Karjalainen, Kainuun keliakiayhdistys
Jarmo Hulkko, Keski-Suomen keliakiayhdistys
Hannu Litja, Pohjois-Savon keliakiayhdistys
Auli Siipola, Pirkanmaan keliakiayhdistys
Yleisvarajäsenet
Veikko Hillilä, Kokkolan seudun keliakiayhdistys
Birthe Johansson, Vaasan seudun keliakiayhdistys
Marja Penttilä, Uudenmaan keliakiayhdistys
Maarit Tellikka, Keski-Suomen keliakiayhdistys
